Osmanlı Devleti’nin Kanal Harekâtı’nda yenilip geri çekilmesi üzerine, İngiltere büyük bir karşı saldırı başlattı. Gazze Savaşları’nda büyük başarılar gösterilmesine rağmen savaşın ilerleyen yıllarında artan İngiliz baskısı karşısında, buradaki Osmanlı kuvvetleri çözüldü. İngilizler, Kudüs ve Filistin’i işgal etti. Kısa bir süre sonra da İngiliz kuvvetleri Suriye’yi ele geçirdi. Yıldırım Orduları bünyesindeki VII. Ordu’nun komutanı olan Mustafa Kemal, İngilizlerin taarruzu karşısında geri çekilerek Antakya’dan Halep’in kuzeyine uzanan bir savunma hattı kurup İngilizleri burada durdurmayı başardı. Mustafa Kemal, Halep’in beş kilometre kadar kuzeyindeki bölgeyi Türk sınırı olarak belirledi. Böylece ileride kurulacak yeni Türk Devleti’nin millî hududu da Türk askerinin süngüleriyle fiilen burada tespit edilmiş oldu.
Mustafa Kemal Paşa 17 Şubat 1917'de Hicaz Kuvve-i Seferiye Komutanlığına atandı ve acilen göreve başlaması istendi. Başkomutan vekili Enver Paşa ve Yıldırım Orduları Grubu Komutanı Alman Generali Falkenhayn ile fikir alışverişinde bulunduktan sonra, 23 Ağustos günü Halep'te göreve başladı. Burada aşiretler meselesi ile yakından ilgilendi ve yeni/uygulanabilir fikirler içeren çok sayıda yazışma yaptı. Mustafa Kemal Paşa daha genç bir subay iken bile, millî orduya kendi subaylarının emir ve komuta etmesi görüşünde idi. Bu görüş, onun daha sonra T.C. için bir ilke olarak benimseyip, savunup temel kural olarak yasalaştıracağı "tam bağımsızlığın" vazgeçilmez bir göstergesi idi.
Nitekim 20 Eylül 1917'de yazdığı ve Cemal ve Enver Paşalara gönderdiği bir raporda bu
isteğini açıkça belirtmiş ve "Sina cephesi komutanlığının Alman Falkenhayn'dan alınarak
kendisine verilmesini teklif etmiştir." Enver Paşanın, Atatürk'ün talebine uygun bir cevap vermemesi üzerine, "içinden hesaplı bir âmirin elin’den, haysiyet ve şerefini kurtarmak için" 06 Ekim 1917'de 7. Ordu Komutanlığından istifa etti. Bu teklifi de kabul edilmeyince, istirahata ihtiyacı olduğunu, izin verilmesini istedi ve uygun bulunduğu için 09 Ekim 1917'de Halep'ten
İstanbul'a hareket etti. İstanbul'da genel karargâhta görevlendirildi ve 15 Aralık 1917'de Veliaht Vahdettin Efendi ile beraber Almanya gezisine çıktı. Bir gün sonra O'na "Birinci Rütbeden Kılıçlı Mecidi nişanı" verildi. Almanya gezisinden 4.01.1918'de dönüldü ve hemen arkasından 19.02.1918'de Alman İmparatoru tarafından "Birinci Rütbeden Kılıçlı Cordon de Prusse nişanı" ile onurlandırıldı.
Bunu 11 Mayıs’ta verilen "Harp madalyası" takip etti. Mustafa Kemal Paşanın 24 Mayıs 1918'de imzalayıp Ruşen Eşref Ünaydın'a verdiği resminin arkasına yazdığı şu satırlardaki ifade, O'nun bir siyasî lider olarak atacağı adamların ilk ve kararlı işaretini veriyordu. "Her şeye rağmen muhakkak bir sona doğru yürümekteyiz. Bende bu imanı yaşatan kuvvet, yalnız aziz memleketim ve milletim hakkındaki sınırsız muhabbetim değil, bu günün karanlıkları içinde, sırf vatan ve hakikat aşkı ile ışık serpmeye ve aramaya çalışan bir gençlik gördüğümdendir."
Mondros Ateşkes Anlaşması’nın imzalanmasının ardından Mustafa Kemal 31 Ekim’de Yıldırım Orduları Grup Komutanlığı’na atandı.